現存自然生態系統，包括森林、草原、荒漠、濕地、河湖水域、海洋，大多處在不同的退化階段，因而，需要不同的對待和處置。

其中，一小部分自然生態系統仍處在比較原始的狀態，它們大多處在開發較晚的國內和地區。由于人類生產和生活的需要，一部分原始生態系統，如原始森林、原始草原，仍將成為人類開發利用的對象。另一方面，由于人類社會生態意識的覺醒，對大部分原始生態系統實施或將要實施封閉式的保護，設立各種自然保護區或各種其他類型的保護地。


相當一部分自然生態系統處于輕度退化的狀態，如有些森林已殘缺稀疏，或轉變為天然次生林。對這些生態系統要在優先保護的前提下，加以適當的培育措施（撫育管理、促進更新等）進行生態保育或生態保護。

有一部分自然生態系統已經受到較嚴重的損傷或破壞，如過伐、過牧、過墾導致生態系統結構和功能的嚴重退化。對這樣的生態系統要采取較為強烈的修復措施，包括改造（如低效次生林改造）、改良（如草場改良）等措施，以改善生態系統的組成和結構。

通過各種保護（如禁伐、禁墾、禁牧，生物多樣性保護）、保育和修復措施，達到生態系統的再植復原和恢復重建的目的。

在原來的自然生態系統已經徹底破壞消失的土地上，需要采取決然的重建或新建的措施，如退耕還林、退牧還草、退耕還濕、造林種草，以仿造重建原有的生態系統（如果可溯源的話）或新建適合于當地自然條件的新人工生態系統。

在實際生活中，還有許多在人類社會發展中形成的新人工生態系統（城市、農田、工礦交通建設用地），由于種種原因其生態環境欠佳，需要人為改善。

這包括城市生態系統中的園林綠化、城市（郊）林業、建筑立體綠化及庭院內部綠化。農田生態系統的土壤改良和修復，生態農業、農林復合經營、農田防護林建設等。工礦及交通用地的礦山廢棄地修復、采空塌陷地修復、工廠廢棄地修復、廠區綠化、交通建設損害地修復、綠道建設、油氣管線和高壓線路建設用地的修復等。這里的修復含義中實際上包括大量的新建內容。

在大尺度的生態系統，即景觀、區域乃至全球層次則需要大范圍的綜合治理，包括土地利用調整和合理的生態格局維持在內。綜合治理性質的生態建設活動有水土保持、荒漠化（石漠化）防治、生物碳匯增儲等。

以水土保持為例，作為一項綜合治理工程就要包括土地利用調整，造林種草等植被建設，使用保持水土耕作制度，牲畜改為圈養的調整，建設水平梯田和溝壩地，溝系中谷坊、塘壩和小水庫等小型水利工程建設等。

所有這些生態活動統歸于一個大項目之下，可稱之為“生態保護和建設”，它與“環境保護”“資源節約”一起成為生態文明建設的三塊基石。